Huoneenlämpötilassa pentaerytritoli näyttää tyypillisesti valkoisena kiteisenä jauheena; se on erittäin stabiili, eikä siinä tapahdu helposti merkittäviä kemiallisia muutoksia normaaleissa olosuhteissa. Se on säilytettävä kuivassa, viileässä ja hyvin ilmastoidussa varastossa, poissa pitkäaikaisesta altistumisesta korkeille lämpötiloille ja suoralle auringonvalolle. Koska pentaerytritoli on jossain määrin hygroskooppista, säilytysympäristö ei saa olla liian kostea; Kosketus ilmankosteuden kanssa tulee minimoida kosteuden aiheuttaman paakkuuntumisen estämiseksi, mikä voi vaikuttaa myöhempään käyttöön.
Varastoinnin aikana tulee käyttää pakkauksia, joilla on hyvät tiivistysominaisuudet, ja pakkauksen eheys on säilytettävä. Pakattuihin tuotteisiin tulee valita kosteutta kestävät pakkausmateriaalit; Jos pakkaus on vaurioitunut, se on vaihdettava tai suljettava välittömästi. Eri erät tulee luokitella ja merkitä selkeästi, eikä tuotetta saa säilyttää yhdessä yhteensopimattomien kemikaalien kanssa. Varasto on pidettävä puhtaana, jotta pöly tai epäpuhtaudet eivät saastuttaisi tuotetta ja vaarantaisi sen puhtauden.
Pentaerytritolia kuljetetaan yleensä pusseissa, tynnyreissä tai muissa kiinteille jauheille soveltuvissa pakkauksissa tuotteen spesifikaatioiden ja kuljetusetäisyyden mukaan määritetyllä menetelmällä. Latauksen ja purkamisen aikana on oltava varovainen, jotta pakkaus ei vahingoitu tai liiallinen pölyn vapautuminen aiheuta. Kuljetusajoneuvojen tai konttien on oltava kuivia, puhtaita ja sateenkestäviä; altistumista vedelle tai pitkäaikaiselle korkean lämpötilan auringonvalolle tulee välttää kuljetuksen aikana. Pitkän matkan kuljetuksissa pakkausten sinetit tulee tarkistaa kosteuden imeytymisen tai kontaminoitumisen estämiseksi.
Varastoinnin ja kuljetuksen aikana tuotemerkintöjen, eräkirjanpidon ja varastonhallinnan on noudatettava kemikaalien hallintaa koskevia määräyksiä. Vaikka pentaerytritoli on stabiili normaaleissa olosuhteissa, kosketusta yhteensopimattomien aineiden, kuten voimakkaiden hapettimien, kanssa on vältettävä. Toiminnassa on noudatettava tietyn tuotteen käyttöturvallisuustiedotetta (SDS) ja toimittajan varastointi- ja kuljetusohjeita sekä noudatettava paikallisia määräyksiä tuotteen laadun ja turvallisuuden varmistamiseksi koko prosessin ajan.